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菌种的优劣是食用菌生产成败的关键。菌种是国家重要的生物资源，也是微生物工厂首要的生产资料。由于微生物繁殖快、易变异，因此微生物菌种特别需要妥善保藏。世界各国对微生物菌种都很重视。中国科学院微生物研究所专门设立了菌种的保藏机构，为各生产单位收藏和供应各种优良菌种。当然就具体的生产单位而言，大量的生产用菌种还得靠自己来生产和保藏。
菌种保藏的目的：是使优良菌种经过较长时间后，仍能保持菌种的优良性状、生活能力及纯度，降低菌种的衰亡速度，确保菌种的纯一，防止杂菌污染及绝种。
保藏菌种的方法：人们在长期的生产实践中，积累了不少保藏菌种的经验，常用的保藏方法有：斜面低温保藏法、液体石蜡保藏法、砂土管保藏法、滤纸片保藏法、谷粒保藏法等。常用保藏菌种的方法有以下几种：
（1）斜面低温保藏法这是最简单最普通的保藏方法。首先将菌种在适宜的斜面培养基（一般PDA）上培养成熟后，选择菌丝生长粗壮，边缘保存。一般保存温度4～6℃，除草菇和银耳菌种外（10～15℃），此方法对其他食用菌都适宜，一般菌种可保藏2～4个月，所以需定时移接。此法保藏虽然方便，但是保藏时间短，需经常转管，也很容易发生衰退变异现象。因此，不能用作长期保藏，最好与其他方法结合起来保藏。
另外，为了减少保藏期间培养基水分蒸发，琼脂最好加到2.5%。为防止菌种在保藏过程中产酸分的积累，应加入0.2%的磷酸氢二钾、磷酸二氢钾等缓冲盐类，同时，培养成熟后，最好将棉塞管口外剪平，并用矿蜡封或换以无菌木塞，这样做也可以减少培养基水分的散失，延长保存时间。
在农村如果没有冰箱，可采用土法保藏。即把保藏用的斜面菌种换上无菌橡皮塞，并用矿烛蜡封后密闭的广口瓶中，悬入井底保藏。（2）贮藏室保藏法原种和栽培种一般只在贮藏室短期保藏，贮藏室温度0～10℃为好。室内应清洁、干燥、无光，应经常检查温度和湿度，以降低其生活力，减少变异退化，防止杂菌污染，避免过早出菇。温度越高，保存的时间越短。
参考知识1
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1、低温定期移植保藏法。将需要保藏的菌种接种在适宜的斜面培养基上，适温培养，当菌丝健壮地长满斜面时取出，放在3-5℃低温干燥处或4℃冰箱、冰柜中保藏，每隔4-6个月时间移植转管一次，具体应根据菌种特性决定。保藏时要注意环境温度不能太高，以防霉菌通过棉塞进入管内。因此，若用棉塞，可用干净的硫酸纸或牛皮纸包扎棉塞，即可减少污染的机会，也可防止培养基干燥。除草菇菌种外，其他食用菌菌种都能采用此法保藏。
2、液体石蜡保藏法。取化学纯液体石蜡(要求不含水分、不霉变)装于三角瓶中加棉塞并包纸，在1公斤/平方厘米压力下灭菌1小时，再放入40℃恒温箱中数天，以蒸发其中水分，至石蜡油完全透明为止。将处理好的石蜡油移接在空白斜面上，28-30℃下培养2-3天，证明无杂菌生长方可使用。然后用无菌操作的方法把液体石蜡注入待保藏的斜面试管中。注入量以高出培养基斜面1-1.5厘米，塞上橡皮塞，用固体石蜡封口，直立于低温干燥处保藏。保藏时间在一年以上，在低温下，保藏时间还可延长。
3、沙土管保藏法。取河沙用水浸泡洗涤数次，过60目筛除去粗粒，再用10%盐酸浸泡2-4小时，除去其中有机物质，再用水冲洗至流水的ph达到中性，烘干备用。同时取贫脊土或菜园土用水浸泡，使呈中性，沉淀后弃去上清液，烘干碾细，用100目筛子过筛，将处理好的沙与土以(2-4):1混匀，用磁铁吸出其中的铁质，然后分装小试管或安瓿内，每管装量0.5-2克，塞棉塞，用纸包扎灭菌(1.5公斤/平方厘米，1小时)，再干热灭菌(160℃，2-3小时)1-2次，进行无菌检验，合格后使用。将已形成孢子的斜面菌种，在无菌条件**入无菌水3-5毫升，刮菌苔，制成菌悬液，再用无菌吸管吸取菌液滴入砂土管中，以浸透砂土为止。将接种后的沙土管放入盛有干燥剂的真空干燥器内，接上真空泵抽气数小时，至沙土干燥为止。真空干燥操作需在孢子接入后48小时内完成，以免孢子发芽。制备好的沙土管用石蜡封口，在低温下可保藏2-10年。
4、滤纸片保藏法。取白色(收集深色孢子)或黑色(收集白色孢子)滤纸，剪成4×0.8厘米的小纸条，平铺在培养皿中用纸包裹进行灭菌(1公斤/平方厘米，30分钟)。采用钩悬法收集孢子，让孢子落在滤纸条上。将载有孢子的滤纸条放入保藏试管中，再将保藏试管放入干燥器中1-2天，除去滤纸水分，使滤纸水分含量达2%左右，然后低温保藏。
5、自然基质保藏法
⑴麦粒保藏法：取无瘪粒、无杂质的小麦淘洗干净，浸泡12-15小时，加水煮沸15分钟，继续热浸15分钟，使麦粒胀而不破，沥干水分摊开晾晒，使麦粒的含水量在25%左右。将碳酸钙、石膏拌入熟麦粒中(麦粒、碳酸钙、石膏比例为10公斤:133克:33克)，拌和均匀后装入试管中，每管约2-3克，然后清洗试管，塞棉塞，灭菌1.5(1.5公斤/平方厘米，2小时)，经无菌检查合格后备用，试管基质冷却后接种，适温培养，待菌丝长满基质后用石蜡涂封棉塞，放低温保藏。2年左右转接一次。
⑵麸曲保藏法。取新鲜麸皮，过60目筛除去粗粒。将麸皮和自来水按1:1拌匀，装入小试管，每管约装1/3高度，加棉塞用纸包扎，高压灭菌(1.5公斤/平方厘米，30分钟)，经无菌检查合格后备用，将生长在斜面培养基上的健壮菌种，移种至无菌麸曲管中，移种时注意尽管捣匀小试管中的麸皮，呈疏松状态，在适温下培养至菌丝长满麸皮为止，将麸曲小管置干燥器中，在低温或适温下保藏。
6、生理盐水保藏法。取纯氯化钠0.7-0.9克，放入100%毫升蒸馏水中，搅拌均匀分装试管，每管5-10毫升，进行灭菌(1公斤/平方厘米，30分钟)，经无菌检查合格后备用，将待保藏的菌种接入马铃薯葡萄糖液体培养基中适温振荡培养5-7天。无菌操作吸取少许培养菌种注入经检验合格的生理盐水试管中，塞上无菌橡皮塞，用石蜡涂封，在室温或低温保藏。
7、冷冻真空干燥法。将已培养、生长丰富的菌体或孢子悬浮于灭菌的血清、卵白、脱脂奶制成菌悬液，将悬液以无菌操作分装于灭菌的玻璃安瓿瓶中，每管约0.3-0.5毫升，然后用耐压橡皮管与冷冻干燥装置连接，安瓿瓶放在冷冻槽中于-30℃至-40℃迅速冷冻，并在冷冻状态下抽空干燥，并在真空状态下熔封安瓿，在-20℃保存，一般可保存十年以上，但成本较高。
8、液氮超低温保藏法。首先将要保藏的菌种制成菌悬液备用；其次，准备安瓿瓶，每瓶加入0.8毫升冷冻保护剂10%(体积比)甘油蒸馏水溶液，塞棉塞灭菌(1公斤/平方厘米，5分钟)。无菌检查后，接入要保藏的菌种，火焰熔封瓶口，检查是否漏气，将封好口的安瓿瓶放在冻结器内，以每分钟下降1℃的速度缓慢降温，使保藏品逐步均匀地冻结，直至-35℃，以后冻结速度就不需控制，安瓿冻结后立即放入液氮罐内，在-150至-196℃保藏，该法只有少数科研院所使用。本回答被提问者采纳