融合转录本的检测软件对比（NGS）

2023-01-07

本文主要是 融合转录本的检测软件对比（NGS） 相关的知识问答，如果你也了解，请帮忙补充。

参考知识1 融合转录本由融合基因（DNA水平）或可变剪切事件产生（RNA水平）。

Figure 1. Figures to explain terminology. (A) Intact exon (IE) type and broken exon (BE) type fusion transcripts; (B) spanning read, split read and anchor length; (C) short and long insert size of DNA fragment for sequencing.

1）Intact exon （IE） type fusion，是指融合后完整的保留了原来的外显子，未影响原来的外显子结构。如上图A中Gene A的Exon2和Gene B的Exon1融合后完整的保留了两个外显子的序列；

2）Broken exon (BE) type fusion，是指融合后没有保留原来完整的外显子序列。如上图A中 Gene A的Exon3的部分序列和Gene B的Exon2融合在一起，融合后的新基因中，来自Gene A的Exon3丢失了部分序列；

3）Breakpoint，是指两个融合基因在基因组上发生融合的位置，如上图B中Gene A（蓝色）和Gene B（绿色）融合的位点；

4）Spanning read，是指跨越融合位点分别匹配到两个融合基因的paired-end read，比如上图B中的匹配到Gene A（蓝色）和Gene B（绿色）的一对read；

5）Split read，是指恰好匹配到融合位点上的read，具体如上图B中右侧图所示；

6）Anchor length，是指跨越融合位点的read左端和右端的长度，具体如上图B中右侧图所示；

7）short insert size，一般是指双端测序paired-end sequencing中，两个read中间间隔的较短距离，一般为几百bp；

8）long insert size，一般是指双端测序mate-pair sequencing中，两个read中间间隔的较长距离，一般为几kb甚至更长；

基因融合鉴定软件的开发，一般就是基于上面提到的这些术语，采用相应的算法来设计的。

Liu S, Tsai W, Ding Y, et al. Comprehensive evaluation of fusion transcript detection algorithms and a meta-caller to combine top performing methods in paired-end RNA-seq data[J]. Nucleic Acids Research, 2016, 44(5).
https://zhuanlan.zhihu.com/p/84928559